讓微生物(細菌)在特定實驗條件下於預定的培養基中進行繁殖的方法，用於確認微生物(細菌)種類或數量。可確認造成疾病的微生物(細菌)種類，例如咽喉培養可篩檢有害微生物(細菌)；或是確認樣品的微生物(細菌)含量，例如食品及水源之微生物(細菌)數量。

細菌的大小約在0.5 到 5 μm，雖然可以用光學顯微鏡直接觀察並計數，但這會讓已死亡或失去活性的細菌也被計算，錯估樣品被汙染(感染)的程度。為了能夠正確計算活著或具有活性的細菌數量，利用細菌培養將單個或數個細菌培育成菌落，以菌落數量評估原樣品活著或具有活性的細菌數量；或是以菌落外觀的差異，判斷原樣品可能存在的菌種。

• 菌落形成單位（CFU，colony-forming unit）

在微生物學中，是估算存活、且能在控制條件下進行二分裂（binary fission）生長之微生物細胞（細菌、真菌、病毒等）的計數單位。使用菌落形成單位進行計數，需要先培養微生物並且僅對活體細胞進行計數。除了計算原始樣品的微生物含量外，另一個優點是，不同的微生物可能產生外觀明顯不同的菌落，這對於鑑定存在的微生物種類非常有用。

•  菌落計數器的發展

• 使用全自動菌落計數器的優勢

1. 手動計數方法太花時間。
   當培養皿中菌落超過300個時，手動計數可能需要5分鐘以上，但自動計數只需3秒鐘，短時間內即可處裡大量樣品，也不會使人眼產生疲勞。
2. 手動計數需要目視觀察，使得每次計數方法不一定相同。
   菌落計數器可設定計數面積範圍，使每次計數條件穩定且高度一致。
3. 當菌落分佈廣泛時，手動計數的準確度會降低。
   菌落計數器可自動將不符條件的菌落排除，並且會自動計算菌落面積，得到更準確的 CFU 結果。
4. 人眼目視難以針對各種菌落進行分類。
   菌落計數器配置比人眼更靈敏的彩色攝影鏡頭，故可針對不同的顏色、大小、亮度等條件進行菌落分類。
   
   
   

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